Конфигурация лучшей практики действительно имела бы AD и Exchange на различных физических серверах, и также иметь по крайней мере два контроллера домена, потому что потеря Вашей единственной является определенно чем-то, что Вы не хотите происходить. Но обычно подтверждается, что, имея пару серверов там только для действия, поскольку контроллеры домена могут быть немного слишком много для малого бизнеса (особенно, если у Вас только есть они и Exchange).
Маршрут виртуализации является хорошим вариантом здесь; но с этим approch, определенно не рекомендуется иметь сервисы, работающие на хост-системе: это должно быть выделено исключительно обязанностям гипервизора. Просто создайте два VMs, один для AD и другого для Exchange, и необходимо быть в порядке (если сервер имеет достаточно ЦП/RAM/устройства хранения данных, конечно).
О, и сделайте себе одолжение: пойдите с Windows Server 2008 R2 SP1; Hyper-V намного лучше там, чем это было в Windows Server 2008. И конечно, выполнение последней версии ОС также рекомендуется для Ваших виртуальных серверов.
Можно, конечно, также выполнить AD и Exchange на одном единственном физическом сервере. Но виртуализация является намного более чистой, и также более гибкий должен, позже необходимо добавить другие сервисы к сети.