Как насчет:
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain\.eu
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/domain/
RewriteRule ^(.*)$ /domain/$1 [L]
Вы проверяете, чтобы видеть, происходит ли соединение в/domain/папке, таким образом, необходимо указать его с наклонной чертой.. иначе Вы получаете цикл.. который может вызвать 500 ошибок.
Можно выполнить несколько команд на одной crontab строке, например.
30 5 * * * cd /path/to/working/directory && /path/to/doxygen CONFIGFILE
&& только выполнит вторую команду, если первое завершится успешно.
Обратите внимание, что ПУТЬ для КРОНА обычно является не тем же как Вашим интерактивным ПУТЕМ, настолько использующие полные пути к командам обычно являются хорошей практикой.