Ubuntu использует кодировку UTF-8 по умолчанию, и кажется, что Вы не изменили ее. У Вас могли быть имена файлов с другим кодированием. В этом случае Вы могли использовать convmv для фиксации этого.
Существует только три способа Интегрироваться с NNM 7.53: a) Через регистрационные файлы (никакое программирование) b) Через C++ c) Java API API
Все три являются частью SDK NNM.
Любой другой механизм не поддерживается. Но если Вы находите способ соединиться через ODBC с DB, затем можно попробовать что-либо.