Соответствующий способ запустить gui приложение как корень в среде Gnome состоит в том, чтобы запустить приложение с помощью gksu.
Таким образом, после того как у Вас есть Диалоговое окно Выполнения, вводят 'gksu приложение' замена приложения с двоичным файлом, который Вы хотите выполнить как корень.
gksudo вызовет sudo, а не su, таким образом, можно будет использовать собственный пароль, не пароль root. (Предположение Вашего пользователя имеет sudo privillages).