Просто к вашему сведению, после того как Ваш сервер был взломан, единственный верный способ удалить взлом состоит в том, чтобы полностью переустановить ОС с нуля. Если Вы не делаете, существует хороший шанс, Вы пропустите некоторый бэкдор, который взломщик скрыл где-нибудь.
Вам необходимо экспортировать пакет обратно в файл, чтобы иметь возможность редактировать его. Невозможно редактировать файлы, хранящиеся в базе данных MSDB. Если память не изменяет, вы сможете щелкнуть правой кнопкой мыши пакет в Management Studio и экспортировать пакет. Затем добавьте его в проект, и вы сможете отредактировать его.