Как ограничить пропускную способность в CentOS с помощью htaccess и не httpd.conf?

Ваш лучший выбор будет состоять в том, чтобы получить своего рода настройки RAID так, чтобы нагрузка была распределена больше чем через один жесткий диск. Также это позволит Вам переживать отказ на дисков в RAID-массиве, не теряя данных.

На основе того, что Вы сказали, что 4 дисковых RAID 5 массива должны работать просто великолепно для Вас, поскольку большинство данных является чтениями.