Чтобы защитить сайт паролем, нужно изменить аутентификацию таким образом, чтобы анонимная аутентификация была отключена, а аутентификация Windows была включена. Затем в разрешениях NTFS на диске назначьте только идентификатор пула приложений + Администраторы + СИСТЕМА + всех пользователей домена (или лучше группы), которым требуется доступ к сайту.