Выполните сценарий CGI как определенного пользователя с Apache
Как sntg, я попытался бы использовать imapsync сначала (должен также работать в соответствии с Windows с ActivePerl).
Если Вы не можете заставить это работать, попробуйте imapsize, который может - помимо большого количества других вещей - перемещают Ваши письма между двумя учетными записями IMAP.
Что именно мешает вашему приложению работать таким образом?
Можно делать то, о чем вы просите, но, возможно, лучше потратить свое время на настройку среды, в которой вы app может работать от имени того же пользователя, которому принадлежат процессы httpd.
Вы просто усложняете свою среду, что затрудняет отладку, безопасность и управление.
В любом случае, чтобы ответить на ваш вопрос: загляните в suEXEC - http: // httpd. apache.org/docs/2.0/suexec.html
Повторяя документацию, вам почти всегда лучше не делать этого таким образом.