Изменение таблицы копировалось уже? Я не эксперт по репликации, но это могло бы быть Вашей проблемой.
RewriteEngine On RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/sub RewriteRule ^sub/(.*)$ http://sub.mysite.com/$1 [R,L]
RewriteEngine On RewriteRule ^/(.+?)/(.*)$ http://$1.mysite.com/$2 [R]