Выполните больше чем один Гипервизор

Вы DB делает точно, что он, как предполагается, делает. Когда транзакция уничтожается, она должна откатываться. Вы не можете остановить его, если Вы хотите последовательную базу данных.

Если это не важно для Вас, уничтожьте MySQL и создайте совершенно новый DB с нуля, потому что этот никогда не будет работать снова, если Вы не позволите откату закончиться.

Предложение для заданий крона, сделайте первую вещь, которую Вы делаете в задании, должен проверить, работаете ли Вы все еще с предыдущего раза, и если так, выход. Удостоверьтесь, что у Вас есть он вход, что происходит так, можно скорректировать время между выполнениями к лучшему значению.