Я повторно ввел бы сертификат и установил бы его на вторичной машине и удостоверился бы, что это экспортно. Затем экспортируйте сертификат и установите его на существующем сервере. Это гарантирует, чтобы они оба имели в распоряжении тот же точный сертификат. Сохраните копию файла экспорта PFX в безопасном месте в случае, если необходимо восстановить его снова позже.
Я не знаю наверняка, что это решение, но я думаю, что в процессе перезагрузки машина пытается войти в систему «слишком рано», прежде чем другие службы которые позволяют использовать сертификат вместо имени хоста. Возможно, попробуйте установить для службы входа в сеть значение «Автоматический (отложенный запуск)»?