Нет никакого эффективного способа "защитить" Ваш сервер от DDoS. Ваш наилучший вариант состоит в том, чтобы связаться с Вашим восходящим поставщиком и попросить их помощь в смягчении нападения, прежде чем это достигнет Вашего шлюза.
Сначала я бы попробовал aptitude purge munin-node && aptitude install munin-node, чтобы посмотреть, поможет ли это. Перед выполнением этой резервной копии конфигурации munin и файлов данных munin rrd.