Я вполне уверен, что RootBSD (http://www.rootbsd.net/) будет работать с Вами. Я знаю, что Verio предлагает FreeBSD хостинг VPS, но я думаю, что они только размещают тюрьмы.
Идея @ Zoredache, вероятно, самая чистая; ловушка ftpd, которая срабатывает после завершения загрузки.
В противном случае, из моей головы, быстрый способ взлома состоял бы в том, чтобы просто обернуть ваш cron-скрипт чем-то, что проверяет, запущен ли процесс ftpd. Если да, ждите () в pid. Это заблокирует выполнение ваших процессов до завершения процесса ftpd. Обратите внимание, что здесь есть состояние гонки, так как другой процесс ftpd может запускаться во время выполнения вашего скрипта.
В качестве альтернативы вы можете написать небольшого демона и использовать систему inofity в ядре 2.6, чтобы наблюдать за тем, как вы загружаете каталог, и обрабатывать любые файлы с измененным временем <некоторого порога; по сути, ловушка завершения файла «наугад».