Как справиться с фильтрацией сети горячей точки, централизованно, для нескольких горячих точек?

Загруженное пользователями содержание не должно быть помещено в управление версиями, как Вы упомянули. Однако они должны все еще быть сохранены.

Я рекомендую просто настроить ежедневный резервный сценарий крона, который был бы rsync, tar, rdiff-резервное-копирование, или что бы то ни было, и загрузите данные на другой сервер. Конечно, подход Вы взятие зависел бы от важности Ваших данных; для действительно критической информации можно хотеть настроить мгновенную репликацию (для баз данных особенно: читайте на репликации баз данных).