Как перенаправить все субдомены, делают один домен в файле конфигурации Apache, не указывая доменное имя?

Установка безопасных программ на сервере хороша, но это бессмысленно, если Вы не настраиваете их надежно.

Например, у Вас есть iptables, который предоставляет интерфейс брандмауэру Linux. Это хорошо, но если у Вас на самом деле нет правил брандмауэра, это похоже на Вас, не имеют брандмауэра вообще, таким образом, я приглашаю Вас читать о конфигурировании iptables.

Затем у Вас есть SSH, который позволяет Вам соединиться через sftp с Вашим filezilla или получить оболочку со шпаклевкой. Снова, это хорошо, но это не заставляет его защитить. Если Ваш вход в систему и пароль будут оба "администратором", то он не поможет зашифровать все, таким образом, я советовал бы Вам проверять, как надежно настроить SSH (использующий ключевую аутентификацию только, деактивируя корневой вход в систему, изменяя порт прослушивания, с помощью стука порта, если Вы хотите дополнительную безопасность, и т.д.),

У Вас есть установленный apache2, это довольно полезно для веб-сайта, но снова безопасность Вашего сервера зависит от того, как это настроено.

Короче говоря, некоторые программы могут быть более безопасными, чем другие (если они используют SSL, например), но действительно их конфигурация делает целый сервер безопасным. Существуют бесчисленные ресурсы на этом, и к сожалению, заняло бы слишком много времени входить в детали того, как надежно настроить сервер Linux здесь.