Установка является "совместной" в том смысле, что, если Вы устанавливаете свойство ADUC на включенный и пользователя, устанавливает его на отключенный в клиенте RDP, затем это отключено. Вы устанавливаете его в ADUC, или GP или TS так, чтобы пользователю "разрешили" доступ к той функциональности, но это не "вызывает" установку в клиенте RDP.
"Можно привести лошадь орошать, но Вы не можете заставить ее пить".
Для включенных настроек нужен corrsponding выбор на стороне клиента (перенаправление диска, перенаправление принтера, и т.д.).
Отключенными настройками управляют строго на стороне сервера через ADUC, GP или TS.
Инструменты Azure Site Recovery также можно использовать для односторонней миграции с Prem в Azure. http://azure.microsoft.com/en-us/services/site-recovery/
Каждый диск будет собственным VHD.