Веб-интерфейс FTP - действительно ничто как Dropbox. То, что делает Dropbox столь хорошим, - то, что пользователям нужно очень мало взаимодействия с ним. У них есть папка на их локальном ПК, который является автоматически sync'd к облачному серверу Dropbox. Что-то как iFolder могло бы быть Вашей областью. Если бы Вы обращаетесь к самокрутке, я изучил бы lsync и возможно некоторую систему уведомления a'la Рычание или inotify. Хитрая часть будет выяснением, как настроить многопользовательский доступ к тем же данным.
Вы можете делать то, что просите ...
... но я не уверен, что это правильный подход. Если вы еще этого не сделали, рассмотрите возможность сообщения о проблеме в Ubuntu, чтобы ее можно было исправить, так как описываемое вами поведение звучит как ошибка.