Файловая система является только частью проблемы. Можно получить значительное повышение производительности путем изменения планировщика IO. К счастью, это довольно легко протестировать, поскольку можно изменить планировщик IO на лету. Я предложил бы пробовать каждого в течение нескольких дней при типичной загрузке и видел бы, который дает лучшую производительность.
Вы могли бы попытаться брать двух пользователей, у которых есть эта проблема и запускающийся Outlook на их машинах с переключателем/cleanfreebusy, который сбросит свободный/занятый битовый массив для их календарей. Можно затем попытаться планировать встречи между двумя из них и видеть, решает ли это проблему.