Пробовали ли вы на самом деле проверить размер удаленного элемента, чтобы убедиться, что хранение работает должным образом?
get-mailbox | get-mailboxstatistics | fl DisplayName,TotalDeletedItemSize,TotalItemSize
Если это подтвердится, имейте в виду, что вы не всегда можете рассчитывать на физический размер файла базы данных, напрямую отражающий комбинированные размеры всех почтовых ящиков. Механизм хранения edb организован по страницам, и всегда есть страницы, которые используются не полностью, а также есть резервы / пробелы для немедленного роста / расширения.