выведите кластерные ресурсы из эксплуатации и продолжите двигаться к завершению работы окон. BTW, действительно ли Ваше приложение с поддержкой кластеров? Как было настроенное приложение: как универсальный сервис или как зарегистрированное clustrer приложение?
Файл vmx просто содержит конфигурацию виртуальной машины. Просто создайте новую виртуальную машину с помощью vSphere Client и свяжите с ней ваши текущие файлы vmdk.