Никакое “Доверяемое Выполнение” на Xeon E5540, что я пропускаю?
Проблема определенно связана с процессом MySQL, являющимся при приблизительно 70%-м использовании ЦП. Причина, почему Вы получаете ошибки в PHP/Nginx, состоит в том, что PHP, вероятно, бросит ошибку, если соединение с MySQL займет слишком много времени.
Одно предложение состоит в том, чтобы настроить производительность MySQL для этого типа использования. Хороший инструмент диагностики является mk-query-digest, который может помочь найти узкие места в MySQL.
Другой (и более простой) решение состоит в том, чтобы просто обновить сервер базы данных (или разгрузить его к отдельному серверу), таким образом, MySQL имеет больше памяти/дисковых ресурсов для работы с.
Чипы с "Надежным выполнением" в основном позволяют Загрузка EFI для правильной работы и использования модуля TPM. Поскольку вы используете Hyper-V, у этой технологии нет никакого смысла. В большинстве случаев Xeon, которые я видел, на самом деле не хватает именно этой функции.