Решето голубятни, не обрабатывающее сообщения
Любой из компонентов, которые Вы упомянули, мог быть причиной проблемы.
Лучший способ диагностировать проблему состоял бы в том, чтобы осуществить сниффинг входящих и исходящих интерфейсов на клиенте, серверах IIS и SQL-серверах. Вы не должны испытывать никакие затруднения при определении источника проблемы, после того как у Вас есть запись того, где Ваш запрос и его последующий ответ, во время 45 вторых окон.
managesieve является frontend к управлению конфигурацией решета для пользователя.
Пакет голубятни является только IMAP/POP3 mailserver - он не будет (и не должен) на самом деле сделать обработку решета.
Обработка должна быть обработана Вашей программой MDA (Cyrus, например). Необходимо настроить ту часть, которую это на самом деле поставляет почте в системе, и скажите ей анализировать сценарии решета.