Было бы легче разделить файл на меньшие разделы и отсортировать их. Разделять:-
split --lines=100000 large_file file_part.
Затем вид каждый из тех, которые при помощи нормального вида
for suffix in `ls file_part.* | cut -f2 -d.`
do
sort file_part.${suffix} > file_sorted.${suffix}
done
можно затем объединиться сортировкой слияния
sort -m file_sorted.*
Это должно быть намного легче на Вашей машине.
На VPS вы не можете настроить NTP, так как он использует системные часы основного машина, на которой запущен VPS
Вы имеете в виду именно службу GD? потому что, как правило, это просто не так, ничто не мешает любой виртуальной машине правильно использовать NTP. Как я уже сказал, GD может иметь это, как правило, но если так, то это очень странно, а также свело бы на нет любые дискуссии с ними о NTP.