можно протестировать, является ли это черепахой или svn при помощи инструментов командной строки. введите 'svn' в корневом каталоге туалета.
Поскольку Вы говорите, что находитесь на 1.4.6, у Вас нет проблемы с редкими каталогами. Действительно имеют проигнорированные файлы в Ваших клиентских настройках? Вы уверены, что Ваш туалет указывает на корректный URL в репозитории и не был переключен на другое ответвление? (Вы видите это в свойствах папки - существует вкладка подверсии),
Если Вы делаете 'svn состояние', в Вашем туалете необходимо видеть список измененных файлов в каталоге сервера.
Это сообщение об ошибке довольно универсально, и может указать на одну из многих ошибок. Существует хорошая статья блога здесь, которая перечисляет много потенциальных причин и решений.