Проблема возникла из конфигурации сервера MySQL. Действительно опции конфигурации InnoDB были слишком низкими (размер пула буферов). Найденный хорошей ссылкой для этого: http://www.mysqlperformanceblog.com/2007/11/01/innodb-performance-optimization-basics/
Проверьте свои сетевые интерфейсы на наличие ошибок и ретранслируйте количества. Он Вы отбрасываете пакеты, Вам, вероятно, придется ожидать тайм-аутов перед пакетом, ретранслируется. Любые графики загрузки для сети помогли бы также.