OCFS2 + DRBD8 + MD зеркально отражают + PERC 6/iR + SATA 500 ГБ = серьезные проблемы ввода-вывода?

Лучшее решение, конечно, использовало бы отдельные серверы DNS для Ваших внешних и внутренних доменов, так для предотвращения любого конфликта между ними; но если Вы не можете позволить себе другие серверы, необходимо будет придерживаться тех, Вы имеете.

Что относительно виртуализации? Вы могли легко установить VMs, чтобы разместить Ваши общедоступные серверы DNS (и только сделать это); система Windows только с сервисом DNS включает потребностям очень небольшие ресурсы.