Как я могу добавить, что субдомены значения по умолчанию приняли домен Exchange 2010

Обычно Вы просто включили бы "просмотр каталога" в родительском каталоге и признали бы что наследоваться к дочерним каталогам. Так как Вы не хотите того поведения, тем не менее, Вы испытываете необходимость для изменения метабазы IIS (база данных конфигурации, где IIS сохраняет свою конфигурацию) для каждого подкаталога.

В мире IIS 6 (Windows 2003) я записал бы сценарий с помощью обеспеченного Microsoft "adsutil.vbs" сценария (в %SystemDrive %\inetpub\adminscripts по умолчанию) для создания соответствующих записей метабазы для каждого подкаталога. Что-то как:

@echo off 
SET PARENT_DIR=C:\path\to\parent\directory
SET ADSUTIL=cscript C:\inetpub\adminscripts\adsutil.vbs 
SET METABASE_PATH=W3SVC/####/ROOT/path/to/parent/directory

for /f "usebackq delims=" %%i in (`dir /a /b /ad %PARENT_DIR%\*`) do call :do_directory "%%i"
goto end

:do_directory
%ADSUTIL% ENUM "%METABASE_PATH%/%~1" | find "IIsWebDirectory"
if errorlevel 1 goto create_directory
goto end

:create_directory
%ADSUTIL% CREATE "%METABASE_PATH%/%~1" "IIsWebDirectory" 
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseFlags" "3221225534" 
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/EnableDirBrowsing" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseShowDate" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseShowTime" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseShowSize" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseShowExtension" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/DirBrowseShowLongDate" "True"
%ADSUTIL% SET "%METABASE_PATH%/%~1/EnableDefaultDoc" "True"

:end

Замените #### числом сайта и путями к соответствующим каталогам.