Взгляните на debconf-set-selections
страница справочника - это должно сделать точно, что Вы после.
Необходимо смочь уже пойти на поле с MySQL, установленным и сделать:-
debconf-get-selections | grep "^mysql-server" >mysql-server-sel.txt
Затем скопируйте его в свое целевое поле и выполните:-
debconf-set-selections mysql-server-sel.txt
apt-get install mysql-server