Lighttpd перенаправляют от www.domain.com до domain.com

Если необходимо перенаправить все запросы, выполненные на www.domain.com/ независимо от пути запроса, просто отбросить 1$ в конце третьей строки, таким образом, это похоже на это:

$HTTP["host"] =~ "^www\.domain\.com$" {
    url.redirect = (
        "" => "http://domain.com/"
    )
}

$1 заменен с первым соответствием ^/(.*) регулярное выражение, которое является в Вашем случае, является всем после первой наклонной черты.