Смешивание и подгонка Avocent IPKVM с модулем сервера APC?
Как хорошо это работает при устранении PHP из уравнения? Используйте CLI mysql клиент для соединения с сервером. Попробуйте его и с самого сервера дб и от сервера приложений:
time mysql -h localhost -D dbname -u username -ppassword -e ''